Македонско-Бугарската Стопанска Комора соработува со институциите и разни организации во двете земји: 

1. Влада на Р.С Македонија
2. Амбасада на Р.С Македонија во Р.Бугарија
3. Амбасада на Р.Бугарија во Р.Северна Македонија
4. Царинска Управа на Р.С Македонија
5. Агенција за електронски комуникации на Р.С Македонија (АЕК)
6. Бугарско Трговска Индустриска Комора во Софија (БТПП)
7. Бугарско Трговска Индустриска Комора во Благоевград (БТПП)
8. Алијанса на бизнисите на Косово
9. Стопанската комора на Северозападна Македонија
10. Центар за Развој на Источен Плански Регион
11. Центар за Развој на Североисточен Плански Регион
12. Центар за Развој на Југоисточен Плански Регион
13. Центар за Развој на Скопски Плански Регион
14. Федерација на Фармери на Р.С Македонија
15. Бугарска Банка за Развој
16. Македонска Банка за поддршка на развојот
17. Агенција за поддршка на претприемништвото на Р.С Македонија
18. Бугарска агенција за промоција на мали и средни претпријатија
19. Агенција за странски инвестиции
20. БТА-Бугарска телеграфска агенција
21. БАККО-Бугарска Асоцијација за кабелски и комуникациски оператори
22. ФОН
23. БИТ
24. МРТ
25. БНТ